如何面對修飾肽定性的高FDR
通常我們說的1% FDR是針對整個數據集的結果，而不是針對單個匹配的。相對于高得分來說，低得分匹配很可能是錯誤的。如果我們從低于30分的結果中取出一部分結果看它們的FDR，那么其FDR一定高于1%，而從50分以上結果中取出一部分的話，一定是小于1%FDR的。從上面表格可以看得非常明顯。比如，99%的錯誤匹配都低于50分。
如果我們提取數據子集的標準和得分有一定的相關性，那么結果一定也是類似的。表格中我們可以看到較短的肽段的FDR會明顯過高。平均正確肽段的長度是15，而錯誤匹配的是9，而且67%的錯誤匹配都短于10個氨基酸，正確的肽段中相應比例才15%。這是因為肽段打分與其長度相關，越長的肽段能夠得到越多的離子匹配。因此，數據子集如果選擇的是9個氨基酸以下的肽段，會得到極高的FDR值。
同樣的，可變修飾的數量也是非常重要的因素。修飾肽正確結果中只有3%的匹配包含可變修飾，而41%的錯誤匹配包含可變修飾。這并不是因為可變修飾的數量和肽段得分有關，而是因為隨機匹配中可變修飾的可能性太多了。
尊敬的客戶：
本公司還有
A3細胞、人肝癌細胞、人肝膽管癌細胞產品，您可以通過網頁撥打本公司的服務電話了解更多產品的詳細信息，歡迎新老客戶放心選購自己心儀產品，我們將竭誠為您服務！
